La spiruline est faite à partir de différentes espèces du genre Arthrospira qui est une cyanobactérie — anciennement appelées cyanophycées ou « algues bleues » — des eaux chaudes peu profondes et saumâtres de la ceinture intertropicale. Le terme Arthrospira est mieux adapté car le genre Spirulina existe, mais s'applique à d'autres cyanobactéries, assez éloignées du point de vue taxonomique et sans valeur alimentaire. La confusion entre les deux noms Arthrospira et Spirulina est due à la décision d’unifier les deux genres Arthrospira Stizenberger et Spirulina Turpin sur la base de leurs trichomes en spirale. Néanmoins la « vraie » Spirulina n’est pas affiliée au genre Arthrospira